Les coordonnées spatiales sont définit sous la forme de 3 nombres entiers relatifs (sans virgule, positif ou négatif), séparés par des espaces. Exemple : '0 0 0' indique la position 0,0,0 dans le monde.
Les 3 valeurs représentent respectivement les composantes X, Y et Z de la position du joueur. L'axe X étant dirigé d'Ouest en Est, l'axe Y du Bas vers le Haut, et l'axe Z du Nord vers le Sud.
Les coordonnées du joueurs et des blocs sont visible sur l'écran de debug, qui s'affiche en appuyant sur la touche 'F3' du clavier.
Il est possible de définir dans les commandes des coordonnées relatives à la position du joueur, en ajoutant le caractère tilde '~' devant la coordonnée. Par exemple les coordonnées '~0 ~0 ~0' désigne la position du joueur. Lorsque la valeur est 0, il est possible de simplifier la notation en supprimant le zéro : '~ ~ ~' est donc équivalent. Il est possible de décaler la position en positif comme en négatif, par exemple la valeur '~-5 ~2 ~' indique un décalage de 5 blocs vers l'Ouest (X négatif), et 2 blocs vers le haut (Y positif) par rapport à la position du joueur. En cas d'utilisation d'un sélecteur pour désigner le joueur (ou entité), la position sera relative à chaque joueur/entité désigné (elle sera donc différente pour chacun d'entre eux).